Nachdem die DNA bzw. das Cytochrom-b-Gen nun extrahiert, vervielfältigt und durch Restriktionsenzyme geschnitten wurde, werden die entstandenen DNA-Fragmente in der Gelelektrophorese entsprechend ihrer Größe aufgetrennt. Das Ergebnis wird ausgewertet, indem die entstandenen Bandenmuster miteinander verglichen werden.
Für die Gelelektrophorese muss zunächst ein Agarose-Gel gegossen werden: